Der wissenschaftliche Teil des Instituts gliedert sich in drei Bereiche, die in insgesamt 6 Abteilungen organisiert sind. Unterstützt werden die wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter durch die Querschnittsabteilungen Verwaltung, Material-Charakterisierung, Informationstechnik, die Abteilungen Schutzrechte, Marketing/PR sowie Qualitätsmanagement/Technik. Eine wesentliche Aufgabe sieht das Fraunhofer FEP darin, seinen Kunden Komplettlösungen von der Produktentwicklung über die Technologieentwicklung bis zur Entwicklung von Schlüsselkomponenten anzubieten. Die fachliche Kompetenz zur Fertigung dieser Schlüsselkomponenten findet sich in den Arbeitsgruppen Mechanik- und Elektronik-Entwicklung sowie Musterbau.

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